魅族16搭载的是基于Android 8.0 Oreo的Flyme 7.1系统。该系统引入了应用预加载技术，使应用启动速度提升了36%，并内置了自家的SuperSwipe技术，优化了CPU多核协作算法，从而提升了系统流畅度，达到了67%的提升。此外，Flyme 7.1还声称系统崩溃率降低至0.05%，即5年才会崩溃一次。

建议用户选择搭载Flyme 7.1系统的魅族16，以获得更好的使用体验和系统流畅性。