Root权限停止运行程序可能有以下几种原因：

软件兼容性问题

使用的ROOT软件可能与手机系统不兼容，导致程序无法正常运行。建议尝试使用其他ROOT工具，如应用宝上的一键ROOT功能，它能够自动识别手机型号并补充所需的驱动，以保证ROOT过程的稳定性。

系统稳定性问题

手机在Root后运行可能不稳定，容易受到木马的入侵，从而影响用户体验。系统可能会自动停止运行某些程序以保护手机安全。

权限问题

程序可能没有获取到稳定的权限，导致运行失败。可以通过重新获取root权限来解决这个问题。

文件属性问题

程序文件可能没有设置为可执行权限，导致root用户无法执行。可以使用`chmod`命令来设置文件权限为可执行。

软件自动解除

有些ROOT软件可能会自动解除root权限，导致程序无法运行。这种情况下，需要重新进行root操作。

系统完整性问题

在某些情况下，Root操作可能会影响到手机的硬件或系统完整性，导致程序无法正常运行。如果遇到这种情况，可能需要恢复手机到原始系统版本或更换硬件。

综上所述，Root权限停止运行程序的原因多种多样，建议根据具体情况采取相应的解决措施，如更换ROOT工具、重新获取权限、检查文件权限等。同时，为了保障手机安全，建议在Root后谨慎操作，并及时收回不必要的权限。