小米5s在发热时出现卡顿的原因主要有以下几点：

处理器降频：

当手机发热时，处理器会启动自我保护机制，降低运行频率以减少热量产生。这种降频会导致处理器性能下降，从而引起手机卡顿。

高负荷运行：

长时间运行大型游戏或处理大量数据时，手机需要消耗大量CPU资源，导致发热和卡顿。这是正常现象，但长时间的高负荷运行会对手机性能产生负面影响。

应用程序过多：

同时运行多个应用程序会占用大量内存和CPU资源，导致手机发热和卡顿。及时关闭不必要的应用程序，使用系统自带的清理工具或第三方应用清理后台进程，有助于减少热量产生和卡顿。

外部环境因素：

在高温环境下使用手机，或者手机长时间暴露在阳光下，会导致手机过热并影响其性能。此外，过度使用保护套也可能阻碍手机散热，从而加重卡顿问题。

电池老化：

电池老化或损坏会导致手机过热，进而影响手机性能。如果电池出现鼓包、变形等现象，应及时更换电池。

系统或应用问题：

手机系统或应用程序存在问题时，可能会导致手机运行缓慢和卡顿。尝试重启手机或卸载最近安装的应用程序以解决问题。如果问题仍然存在，建议备份数据并恢复出厂设置或寻求专业维修服务。

综上所述，要解决小米5s发热卡顿的问题，可以尝试以下方法：

1. 关闭不必要的应用程序，减少CPU和内存的占用。

2. 清理缓存和无用数据，释放存储空间。

3. 避免在信号不好的地方使用手机，减少网络负载。

4. 检查并更新系统和软件，修复已知的bug和提升性能。

5. 如果电池老化，及时更换电池。

6. 在高温环境下使用手机时，注意散热，避免长时间暴露在阳光下。

7. 考虑更换为轻薄透气的手机壳，改善散热效果。

希望这些建议能帮助你解决小米5s发热卡顿的问题。