苹果手机在充电时显示电量只能达到99%的原因可能有多种，以下是一些可能的解释：

电池控制电路的纪录和电池本身的状态出现偏差：

电池始终没有达到控制电路中记录的电压，因此控制电路一直保持充电状态。这可能是因为电池老化或手机显示电量不准确。

系统检测显示错误：

有时候，系统可能会错误地显示电量还未充满，即使实际上电池已经充满了。这可以被视为一个bug。

电池或显示问题：

手机电池或显示系统可能出现问题，导致电量显示不准确。这可能是由于电池本身的老化或损坏，或者是手机内部硬件的故障。

充电设备或数据线问题：

使用的充电器或数据线可能不是原装的，或者存在损坏，这可能会影响充电过程的准确性。

手机在开机状态下充电电流较小：

当手机开机时，充电电流会自动降低，处于涓流充电状态，导致电量显示只能达到99%。

后台应用程序消耗电量：

手机在充电时，后台运行的应用程序可能会消耗大量电量，从而影响充电进度。

建议

检查充电设备和数据线：确保使用的充电器和数据线是原装的，并且没有损坏。

重启手机：在电量显示为99%时，尝试拔掉充电器并重启手机，看是否能显示100%的电量。

关闭后台应用程序：在充电时，尽量关闭不需要的应用程序，以减少电量消耗。

检查电池健康：如果电量显示总是不准确，建议去苹果售后维修点检查电池健康状况。

通过以上方法，可以尝试解决苹果手机充电显示为99%的问题。如果问题依然存在，可能需要考虑电池或手机硬件的更换。