手机CPU采用两层结构的原因主要涉及设计、制造和成本等方面的考虑。以下是详细解释：
设计难度和制造工艺
设计难度：多核处理器的核心时序需要完全相同，且一个处理器的核心是方形的，因此将多个方形核心协调地排列在一起相对容易。如果采用奇数核心，设计难度会大大增加，因为无法将奇数个核心均匀地切割和排列。
制造工艺：芯片在制造过程中需要横竖方向切割，矩形结构有助于找到规律合理的控制并改造电路。奇数核心在切割和排列上会更加困难，从而影响制造效率和良率。
成本考虑
备货和兼容性：采用两层结构可以简化内存芯片的备货和兼容性。例如，华为在麒麟9000和RAM之间加一转接层，从而变更为骁龙888专用内存的脚位，这样做可能是为了降低两套SoC方案的成本，并简化供应链管理。
性能和能效
性能：多核处理器可以同时处理多个任务，提高手机的整体性能。例如，四核处理器在需要高处理能力时，系统会自动开启所有四个核心，从而保证流畅运行。
能效：在某些情况下，部分核心处于休眠状态，可以降低功耗和发热量，提高手机的能效比。
综上所述，手机CPU采用两层结构主要是为了简化设计、制造和供应链管理，同时提高性能和能效。这种设计使得手机在保持较高性能的同时，也能有效控制成本和功耗。