红米Note3比魅蓝Note3贵的原因主要有以下几点：

处理器性能更强：

红米Note3搭载的是八核高通骁龙650处理器，而魅蓝Note3采用的是八核联发科Helio P10处理器。高通骁龙650在性能上相较于Helio P10更为出色，尤其是在处理高负载任务时，能够提供更好的性能表现。

全网通支持：

红米Note3提供全网通支持，可以支持电信、移动、联通的4G网络，而魅蓝Note3虽然也有全网通版本，但其价格相对较低。

性价比：

尽管魅蓝Note3在发布时价格较为亲民，但红米Note3在性能和配置上更为均衡，尤其是对于追求高性能和全网通功能的用户来说，红米Note3的性价比更高。

综上所述，红米Note3在处理器性能和全网通支持方面的优势，使其价格相对魅蓝Note3更为昂贵。用户在选择时可以根据自己的需求和预算进行权衡。