iPhone 5s在充电时发热的原因可能有以下几点：

充电电流过大：

当使用大电流充电时，电能转化为热能的量也会相应增加，导致手机和充电器发热。这是正常现象，尤其在使用较高功率的充电器（如1.5A甚至2A）时。

充电环境不佳：

如果手机在充电时带有手机壳，可能会影响散热，导致发热严重。此外，充电环境温度过高或过低也可能影响充电时的发热情况。

后台运行程序：

手机在充电时如果有较多的后台运行程序，也会使得手机发热严重。

硬件问题：

部分手机不支持边充电边玩游戏或通话，这种行为会损耗双倍电力，并可能对电池性能造成伤害，从而引起发热。此外，如果充电接口接触不良或导电阻抗过大，也会导致大量能量转化为热能。

电池问题：

手机电池在长时间使用后会出现性能下降，甚至损坏，这也可能导致充电时发热。

充电器或数据线问题：

使用非原装的充电器或数据线可能无法有效控制充电电流，从而导致发热。

建议

尝试更换其他充电头（输出电流低于1A的也可以试），观察充电温度是否有所改善。

取消充电时正在运行的后台程序，减少手机负荷。

更换充电器和数据线，确保使用原装配件。

检查手机壳是否过厚，尝试取下手机壳后充电。

如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果售后服务进行具体的检查，以确定是否存在硬件故障。